貨物空運進口航班落地后，一般貨會進入機場一級監管倉庫和BGS倉庫，如果訂艙的時候只簽發了主單，沒有分單，那么最終收貨人的空運進口報關代理 人就要到上面兩個倉庫去調空運單，這是空運進口報關文件之一。

這兩個倉庫如果清點貨物和空運單所承運貨物一致，也就是單貨一致的情況下，在一個海關和監管倉庫共享的系統中錄入主單的艙單信息，這兩個倉庫都位于綜合保稅區內。綜保區的貨物在沒有海關檢疫放行單及電子放行信息的情況下，是無法運出綜保區的。

一級監管倉庫清點完貨物，錄完艙單信息以后，第二步是由各自指定的分撥公司將貨物運至二級監管倉庫，也就是空運單主單上面的收貨人。二級監管倉庫在清點貨物后，向海關系統錄入分單的艙單信息。分單顯示最終收貨人。

這時最終收貨人的空運進口報關代理（也就是我們這類空運進口報關公司）到二級監管倉庫調取空運單的分單，這時不需要主單，分單是報關文件之一，然后空運進口報關公司根據收貨人提供的運單（可以是主單也可以是分單，一定是收貨人顯示為進口單位的運單），箱單，發票，合同及進口貨物的品名，稅號，其他申報要素等信息，在海關系統錄入報關單，發送報關單（可在空運進口報關公司的辦公室完成）。

空運進口報關單電子數據會傳送到北京海關的審單中心，審單中心根據電子信息核對是否有申報錯誤，如果有可質疑，要求報關行解釋；如果無，就會將通過的信息傳送回，空運進口報關公司這個時候可以通過系統打印出報關單。

然后空運進口報關公司將報關單和其他文件一起遞交到海關大廳的申報窗口，由大廳現場人員繼續審核，如無誤，出稅單，報關行持稅單到開戶銀行交稅，也可以網上交稅，交稅成功后，將稅單交回海關核稅，核稅完畢單據轉放行科。如果上述幾個科都沒有批查貨，該批貨物海關就放行。

然后持海關報關申報單，到檢疫進行報檢，在一棟大樓內。（如果是法檢商品，需要先報檢后報關，持檢疫的通關單才能報關）檢疫如果不批查驗。在報關文件的運單上會同時蓋有海關和檢疫的放行章，持該文件到貨物所入的二級監管倉庫提貨，出綜合保稅區。完成整個流程。

注意：

①海關申報任何一個環節，海關均可以要求進行貨物查驗，如果批查，海關的電子查驗數據會傳送到二級監管倉庫，二級監管倉庫會將貨物送到海關查驗倉庫，如果查驗沒問題，貨主可以直接到海關查驗倉庫憑運單的放行章提貨。

②檢疫批查一般要在海關放行以后，持蓋有海關放行章的運單到二級監管倉庫自行提貨，將貨物運到檢疫查驗中心，在海關查驗倉庫對面，由檢疫查驗，無問題后可直接駛出綜保區。如果有問題，檢疫會扣留貨物。

③海關查貨一般會核查所有貨物，主要是看申報是否屬實，品名歸類是否準確，數量是否申報有誤，如果查驗有問題，一般會要求提交說明，解釋歸類的問題，如果仍達不成統一，會退回審單中心重新歸類，涉及補繳稅金額過大的，有可能會轉到緝私科進行處罰。

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