金關工程（二期）經國務院批準立項，是 “十二五”期間國家重大電子政務工程項目。金關工程二期為國家、社會公眾提供海關業務服務和信息資源服務，為構建開放型國家經濟新體制提供了有力支撐，為落實國家一帶一路、跨境新政、全國一體化通關改革等重大決策提供了有力保障。金關工程（二期）已于2018年2月通過竣工驗收并正式上線運行。

金關工程（二期）加工貿易管理系統是金關工程（二期）的重要組成部分，該系統的上線運行和推廣應用為海關深化加工貿易及保稅監管改革、支持加工貿易創新發展提供有力的技術支持和保障。金關工程（二期）加工貿易管理系統包括特殊區域管理系統、加工貿易賬冊管理系統、加工貿易手冊管理系統、保稅物流管理系統等多個分系統組成。其中特殊監管區域內企業使用特殊區域管理系統，保稅物流中心和兩倉企業使用保稅物流管理系統，區外加工貿易企業使用加工貿易賬冊管理系統和加工貿易手冊管理系統。

保稅核注清單是金關二期保稅底賬核注的專用單證，是所有金關二期保稅底賬的進、出、轉、存的唯一憑證，其法律地位相當于報關單的隨附單證。通俗了說，就是設立了金關二期保稅賬冊的企業，保稅底賬的核增核減有了“新規矩”，報關單不再直接承擔保稅底賬核注功能，這是海關保稅底賬管理的“創制之舉”。因為核注清單全面支持企業料號級管理的需求，可以實現企業料號級管理，通關項號級申報；簡化了保稅貨物流轉手續，凡是設立了金關二期保稅賬冊的企業，企業辦理加工貿易貨物余料結轉、加工貿易貨物銷毀（處置后未獲得收入）、加工貿易不作價設備結轉手續的，可不再辦理報關單申報手續；海關特殊監管區域、保稅監管場所間或與區（場所）外企業間進出貨物的，區（場所）內企業可不再辦理備案清單申報手續。親，你覺得是不是省了一大筆報關費呢？

海關總署2018年52號公告已明確了應用金關二期系統的特殊區域、保稅物流中心（B型）企業之間的流轉方式。其它特殊區域、場所間或與區域（場所）外加貿企業間進行保稅貨物流轉的，參照上述要求，區域（場所）內企業可選擇報關或選擇非報關。轉入、轉出企業按“先報進、后報出”的原則分別申報進口核注清單、出口核注清單，區外企業按要求申報報關單（報關單申報地應選擇特殊區域、場所對應關區代碼）。轉入、轉出保稅核注清單均已審核通過的，企業自行運輸進行實際收發貨，并按相關要求辦理卡口核放手續。金二系統模式下的保稅流轉，相比原來的轉關申報節省了報關和物流成本，進一步提升了通過便利性，實現了“更省更快更強”。

企業申報保稅核注清單后，保稅核注清單需要修改或者撤銷的，按以下要求處理：

（一）貨物進出口報關單（備案清單）需撤銷的，其對應的保稅核注清單應一并撤銷，刪除報關單的同時系統會自動刪除對應的核注清單。

（二）保稅核注清單無需辦理報關單（備案清單）申報或對應報關單（備案清單）尚未申報的，核注清單只能申請撤銷。

（三）貨物進出口報關單（備案清單）修改項目涉及保稅核注清單修改的，應先修改核注清單內容，并確保清單與報關單（備案清單）的一致性。目前金二系統已開發企業提交核注清單修撤申請功能。

（四）報關單、保稅核注清單修改項目涉及保稅底賬已備案數據的，應先變更保稅底賬數據。

（五）保稅底賬已核銷的，保稅核注清單不得修改、撤銷。

海關對保稅核注清單數據有布控復核要求的，在辦結相關手續前不得修改或者撤銷保稅核注清單。

金關工程（二期）加工貿易管理系統全面支持料號級管理，企業申請金關二期保稅底賬時，可直接申報料號級數據辦理業務，無須將料號級數據進行歸并和壓縮。企業辦理貨物進出申報，可按料號級數據申報核注清單，企業報送保稅核注清單后需要辦理報關單（備案清單）申報手續的，報關單（備案清單）申報數據由保稅核注清單數據歸并生成。這實現企業和海關管理顆粒度相一致，為關企底賬數據相一致創造更加有利的支持條件。

特殊監管區域和保稅物流中心（B型）企業在辦理分送集報業務應先向海關申報業務申報表，如辦理分送集報出區業務還需辦理擔保。開展貨物實際分送入區或出區時，向海關申報該批次貨物對應的出入庫單，貨物進出卡口前申報核放單。企業應在規定的時間內向海關辦理集中報關，申報集報核注清單和報關單，待核算商品進出數量平衡后對業務申報表申請結案。

對于符合“先進區、后報關”模式開展條件的，企業可通過跨境快速通關、區港調撥、艙單分撥等方式將貨物從口岸調撥進境入區，入區環節可不申報金二核放單。貨物入區并在指定區域理貨后，企業應在規定時間內分別通過金關二期系統向海關申報區港聯動類型的核注清單（無需過卡）和進境備案清單（報關單）。待相關報關單證放行結關后，金關二期系統會根據報關單證狀態聯動核注底賬。

對于區內企業開展貨物按照狀態分類監管模式，進行保稅貨物和非保稅貨物的互轉，由保稅貨物企業參照進口出區或出口入區的模式申報對應報關的保稅核注清單和報關單（視同二線進出區），由非保稅企業通過輔助系統對應申報非保貨物進出申報單，并由保稅企業向主管海關申請辦理人工卡口放行手續。

對于區外非金二賬冊企業辦理貨物進出特殊區域，如區外企業和區內企業都有申報需求，區內企業可先申報對應報關的保稅核注清單，報關單類型需選擇“進/出境兩單一審備案清單”（注意不能選原來的“進/出境備案清單”），關聯手賬冊備案號填報“NULL00000000”，再對應生成備案清單，同時區外企業申報“兩單一審”報關單和備案清單關聯。

區內企業首先申報進口保稅核注清單（監管方式5000、運輸方式為“9”、報關類型選“關聯報關”），然后以區內企業為境內發貨人申報出口報關單（監管方式為0110、運輸方式 為0、）與核注清單關聯，貨物過卡后觸發報關單結關和核注清單核注底賬。

對于查驗發現異常的，允許對同批次運輸工具中查驗未見異常貨物先行放行。企業可向現場海關申請刪除原核放單，并對同批次運輸工具中查驗未見異常貨物在金二系統重新申報核放單進行過閘放行。

對雙卡口查驗（卡口間查驗）模式的特殊區域（保稅物流中心）貨物，企業可向現場海關申請刪除原核放單并對重新申報的核放單作一道卡人工過閘，運輸工具再自行過二閘離場。